Počas tejto časti odohrajú všetky tímy z druhej ligy po 20 zápasov, Michalovčania hrajú prvý s Dubnicou.
Vyžrebovanie MFK Zemplín Michalovce v jesennej časti II. futbalovej ligy 2013/2014:
1. kolo – sobota 20. 7. 2013: Michalovce – MFK Dubnica nad Váhom (19.30)
2. kolo – sobota 27. 7. 2013: MŠK Rimavská Sobota – Michalovce (17.30)
3. kolo – sobota 3. 8. 2013: Michalovce – MFK Tatran Liptovský Mikuláš (19.30)
4. kolo – nedeľa 11. 8. 2013: FK Pohronie Žiar nad Hronom Dolná Ždaňa – Michalovce (16.30)
5. kolo – sobota 17. 8. 2013: Michalovce – 1. FC Tatran Prešov (19.30)
6. kolo – sobota 24. 8. 2013: ŽP Šport Podbrezová – Michalovce (16.00)
7. kolo – sobota 31. 8. 2013: Michalovce – ŠK SFM Senec (19.30)
8. kolo – sobota 7. 9. 2013: Partizán Bardejov – Michalovce (15.30)
9. kolo – sobota 14. 9. 2013: Michalovce – FC Spartak Trnava juniori (19.30)
10. kolo – sobota 21. 9. 2013: Michalovce – FC ŠTK 1914 Šamorín (19.30)
11. kolo – sobota 28. 9. 2013: FK Slovan Duslo Šaľa – Michalovce (15.00)
12. kolo – sobota 5. 10. 2013: MFK Dubnica nad Váhom – Michalovce (14.30)
13. kolo – sobota 12. 10. 2013: Michalovce – MŠK Rimavská Sobota (17.30)
14. kolo – sobota 19. 10. 2013: MFK Tatran Liptovský Mikuláš – Michalovce (14.00)
15. kolo – sobota 26. 10. 2013: Michalovce – FK Pohronie Žiar nad Hronom Dolná Ždaňa (17.30)
16. kolo – sobota 2. 11. 2013: 1. FC Tatran Prešov – Michalovce (13.30)
17. kolo – sobota 9. 11. 2013: Michalovce – ŽP Šport Podbrezová (17.30)
18. kolo – piatok 15. 11. 2013: ŠK SFM Senec – Michalovce (17.30)
19. kolo – sobota 23. 11. 2013: Michalovce – Partizán Bardejov (17.30)
20. kolo – nedeľa 1. 12. 2013: FC Spartak Trnava juniori – Michalovce (10.30)